Papież Aleksander VI oskarżany przez Savonarolę o liczne występki moralne i ateizm rzucił na niego ekskomunikę i zażądał wydania kaznodziei od Wielkiej Rady rządzącej teokratyczną republiką. Ostatecznie do procesu doszło w samej Florencji. Savonarolę wielokrotnie torturowano, aby ostatecznie wymóc na nim przyznanie się do zarzucanych mu czynów, jednakże on sam odwołał później te zeznania. 23 maja 1498 Savonarola i jego najbliżsi współpracownicy zostali spaleni na stosie po uprzednim uduszeniu za herezję, schizmę i bunt przeciwko władzy kościelnej.
